부동산을 양도하면 양도소득세를 신고·납부해야 한다. 이때 장기보유특별공제 적용 가능 여부 및 공제율에 따라 세금이 달라진다. 최근 들어 주택에 대한 양도소득세 관련 법규가 복잡해지면서 장기보유특별공제율 역시 다양해졌다.
양도소득세는 부동산이나 주식 등 과세대상 자산을 양도할 때 양도차익에 대해 발생하며 양도차익이 클수록 세금도 많아진다.
양도자산 보유기간 3년 이상인 부동산일 경우 양도차익에서 장기보유특별공제액을 차감해 장기보유특별공제액 만큼은 과세하지 않는다. 실물자산인 부동산의 양도차익 중 물가상승분 수준에 대해 세금 부담을 덜어주는 측면이라고 볼 수 있다.
그러나 모든 부동산을 양도할 때 장기보유특별공제를 적용받을 수 있는 것은 아니다. 미등기 자산이나 1세대 2주택 이상인 경우 조정대상지역에 있는 주택을 양도할 때는 장기보유특별공제를 받을 수 없다.
1세대 다주택이라 하더라도 양도하는 주택 소재지가 조정대상지역이 아니라면 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다. 법령에 열거된 일정 조건에 해당하는 주택이어도 혜택을 받을 수 있다. 세법상 요건을 갖춰 임대하는 임대주택이나 취득 당시 양도소득세 감면혜택이 주어졌던 특정 미분양주택 등이 이에 해당한다. 10년 이상 보유한 주택을 2020년 6월 30일까지 양도한 경우에도 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다.
비과세 조건을 충족했어도 양도가액 9억원을 초과하는 1세대 1주택은 일부 세금이 발생한다. 이러한 1세대 1주택의 과세 대상 양도차익은 장기보유특별공제 적용 대상이 된다. 해당 주택에 2년 이상 거주조건을 충족한 1세대 1주택이라면 장기보유특별공제율을 우대받을 수 있다. 보유기간 1년당 8%(10년 이상 보유 시 80%)라는 높은 공제율을 적용받을 수 있다. 그러나 2년 이상 거주하지 않았다면 일반 부동산과 마찬가지로 연 2%(15년 이상 보유 시 최대 30%) 공제율을 적용한다.
1세대 1주택 비과세 조건과 별도로 장기보유특별공제 우대 적용을 위해 2년 거주 조건이 필요하다는 점을 기억해야 한다. 1세대 1주택 비과세를 받기 위해서는 조정지역 주택에 대해서만 거주기간이 필요하지만 장기보유특별공제 우대를 받기 위해서는 지역과 관계없이 거주기간 2년이 필요하다.
보유기간이 길고 양도가액 9억원을 초과해 세금부담이 큰 1세대 1주택의 경우에는 2년 거주 여부에 따라 세금 차이가 발생한다. 지난해 발표된 12·16 부동산 대책에서 1세대 1주택 장기보유특별공제율 적용방식을 보유기간 1년당 8%에서 보유기간 1년당 4%와 거주기간 1년당 4%로 구분 적용하는 내용이 포함됐기 때문이다. 최대 80% 공제를 받기 위해서는 보유기간 10년과 거주기간 10년이 모두 충족돼야 가능하다.
현재 법령으로 최종 확정되지 않은 부분이라 내년 이후 1세대 1주택을 양도할 경우라면 법령 적용 여부를 추가로 확인하는 것이 필요하다.
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